Datauttag

Allmän information

Via menyvalet Rapporter kan behörig användare ta ut data för den egna kliniken. Eller flera kliniker om man har behörighet till det. Data är avidentifierade, dvs man får inte med namn eller personnummer på patienten.

Uttag kan göras till två olika filformat, fast format för anpassat för SPSS eller tabb-avgränsat t  ex till Excel. Att dessa två varianterna används beror på att det är SPSS som används inom styrgruppen och att tabb-avgränsat formaterad text i stort sett är standardformat för import av data till alla programvaror som kan göra statistiska beräkningar.

Två variabler ingår alltid i uttaget, Patientid och Sjukfallsid. Patientid är det id-nummer som patienten är sökbar på i GynopNet. Sjukfallsid, som är den unika id-koden för varje operation patienten genomgår följer med för att man ska kunna göra sammanslagningar av flera datauttag (vid avancerad bearbetning i t ex SPSS).

Vem kan ta ut data?

För att kunna göra datauttag krävs att du har rollen DU (står för datauttag) i din användarprofil i GynopNet. Du kan enkelt se om du har den behörigheten genom att gå in under menyvalet Admin. Om Datauttag inte är aktivt har du inte den behörigheten. Den behörigheten sätts av klinikens gynop-administratör.

Funktion i några av knapparna i uttaget

När du har aktiverat en lista visas ett antal knappar ovanför din lista:

 

Knappen Visa valda variabler kan du använda för att se vilka variabler du har kryssat för under den Formulärrullgardin du har aktiv. I t ex hälsodeklaration finns det en hel del variabler, och om du bara har markerat några så kan det vara svårt att veta exakt vilka. Klicka då på Visa valda variabler, så döljs alla rader du inte kryssat för. När du klickar på Visa valda variabler så byter knappen namn till:

Klicka på Visa valbara variabler så får du tillbaka alla raderna igen och kan välja fler eller avmarkera variabler i det formuläret.

 

När du markerat färdigt alla variabler du vill ha med i ditt uttag, klicka då på knappen Excel – alla valda variabler, så får du en Excelfil som visar alla variabler du tagit med i ditt urval, vad de heter i uttaget, från vilket formulär de kommer och vad de olika uppgifterna som finns i uttaget betyder. Du kan spara filen och/eller skriva ut den.

Hur hämtar jag ut data?

Det viktigaste, och svåraste, är att först bestämma vad det är man vill titta på. Därefter välja vilka data man behöver plocka ut. Ett bra sätt att veta vilka data man ska ta med är att utgå från vilka uppgifter man fyller i formulären och enkäterna för att få texten om det man vill analysera.

Gå in under menyvalet Admin, välj Datauttag och Hämta data

 

 

 

 

Väljer du Register i rullgardinen så får du data för alla patienter som har någonting ifyllt i det delregistret. Då kommer de som t.ex. enbart har hälsodeklaration också med i uttaget.

Som du ser finns det då en undre rad med två kryssrutor för Inre genitalia och Urogyn. Dessa två delregister finns i GKR och motsvaras i GynOp av Hyst/Adnex/Tumör (Inre genitalia) och Prolaps/Inkontinens (Urogyn). Så om du har behörighet att ta ut data från klinikerna som ingår i GKR ska du markera något av dessa två.

Väljer du Opererad får du enbart data för de patienter som har en operation inknappad. Då tas data med utifrån vilken operation som är utförd, inte vilket delregister patienten är inkluderad under. Ex: Sätt kryss i rutan för Adnex (benign). En patient som är inkluderad under Hyst men även har genomgått en adnexoperation och operationen är inknappad kommer då att ingå i uttaget. Sätter du kryss i Adnex och Tumöroperation får du med alla adnexoperationer som är inknappade, oavsett bening/malign indikationen eller vilket delregister patienten är inkluderad i.

Välj fr.o.m. vilket år du vill hämta data.

Markera rutorna för de operationer/delregister du vill ha med i datauttaget.

När du valt klart klickar du på Nästa.

I den övre delen ser du vilka val du redan gjort.

Under Klinikens listor ser du de ev. urvalslistor som någon på din klinik har gjort tidigare. Under Publika listor finns ett antal listor som skapats av registrets styrgrupp och som visas för samtliga kliniker, t ex listan med de variabler som ingår i Öppna Jämförelser från SKL, se http://www.skl.se/vi_arbetar_med/oppnajamforelser angående Öppna Jämförelser.

Skapa en ny lista

Klicka på Ny kliniklista.

Ange namn på listan du håller på att skapa.

I den stora textrutan skriver du en förklaring om vad din uttagslista innehåller eller ska användas till, så att du kommer ihåg det nästa gång du vill använda samma lista.

Spara.

I rullgardinen Formulär väljer du från vilket formulär du vill hämta variabler. Urvalet är uppdelat efter de olika sidorna i inmatningen, motsvarande formulär/enkäter, så att det ska vara lättare att hitta den variabel du vill välja. Några av formulären har flera val i rullgardinen, nedan följer en beskrivning av uppdelningen.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Bakom rullgardinen finns ett antal radioknappar ”visa variabler”.

Valet ”Valbara” visar alla variabler som går att välja. ”Valda” visar endast de variabler du har markerat i den tabell du har aktuell i rullgardinen. ”Ej valda” visar alla du inte markerat i aktuell tabell.

Just valet ”Valda” underlättar när man vill kontrollera vilka variabler man markerat i sitt uttag – särskilt i den långa tabellen för operation. För att se alla igen markerar man ”Valbara”.

Formulär	Beskrivning
Allmän klinikdata	Uppgifter från Admin-Klinik, t ex sjukhusnamn och sjukhuskod. Behöver endast markeras om man tar ut uppgifter för flera kliniker i samma uttag.
Allmän patientdata	Uppgifter från övre delen av fliken Patientdata, t ex patkod, deltagande i registret etc.
Allmänt planerad/utförd operation	Uppgifter från nedre delen av fliken Patientdata, rutan för planerad operation, t ex vilket delregister patienten är inkluderade i. Även alla uppgifter om enkätutskick.
Användardata	För- och efternamn på användare. Ska markeras om du vill få ut läkarnamnen för t ex operatören i klartext. I databasen sparas läkarnamn (t ex operatör) som en sifferkod.
Preoperativ hälsodeklaration	Hela den preoperativa enkäten.
Inskrivning/Anamnes	Anamnesformuläret förutom indikationsträdet.
Inskrivning indikation	Indikationsträdet i anamnesformuläret – se även förklaringen för justerade indikationer/diagnoser längst ner i denna tabell.
Operation	Operationsformuläret.
Operation bristning	Variabler för opformuläret för bristningsoperation.
Opkomplikationer	Komplikationer från operationsformuläret  – se även förklaringen för bearbetade komplikationer längst ner i denna tabell.
Epikris/utskrivning	Utskrivningen förutom rullgardinerna för komplikationer.
Epikris komplikationer	Data från rullgardinerna för komplikationer – se även förklaringen för bearbetade komplikationer längst ner i denna tabell.
Histopatologi/PAD	PAD-fliken förutom diagnosträdet.
Histologi/diagnos	Data från diagnosträdet i PAD-fliken – se även förklaringen för justerade indikationer/diagnoser längst ner i denna tabell.
Enkät 2 mån postop	Patientens svar i 8-veckorsenkäten
Bedömning 2 mån	Läkarens bedömning av 8-veckorsenkäten, förutom data från rullgardinerna för komplikationer.
Komplikationer 2 mån	Data från rullgardinerna för komplikationer i läkarbedömning 8 veckor – se även förklaringen för bearbetade komplikationer längst ner i denna tabell.
Enkät 1 år postop	Patientens svar i 1-årsenkäten.
Bedömning 1 år	Läkarens bedömning av 1-årsenkäten, förutom data från rullgardinerna för komplikationer.
Komplikationer 1 år	Data från rullgardinerna för komplikationer 1-årsenkäten – se även förklaringen för bearbetade komplikationer längst ner i denna tabell.
Bearbetade variabler	Utifrån grunddata skapar vi nya variabler. Ex: operationstid indelat i tidsklasser, vårdtid från operation till utskrivningsdag, vårdtid indelat i tidsklasser, blödningsmängd indelat i grupper, äldersklasser m m..
Bearbetade variabler komplikationer	Läkarrapporterade komplikationer sparas i alla formulär i form av ett kodnummer. Under ”bearbetade komplikationer” har vi gjort sammanslagningar och grupperingar av dessa komplikationer. Så är du intresserad av komplikationsdata bör du alltid först titta under de bearbetade innan du väljer komplikationer i någon av de ovanstående formulären.
Bearbetade justerade indikationer/diagnoser	Även indikationer och diagnoser sparas som kodnummer. I ”bearbetade indikationer/diagnoser har vi på samma sätt som för komplikationerna slagit samman och grupperat indikationer resp. diagnoser.

TIPS! Börja alltid med att titta på de variabler som ligger i de tre ”bearbetade”.

 

Välj bland de olika alternativen i rullgardinen Formulär och markera de variabler du vill ha med i ditt datauttag. Dina kryss sparas automatiskt. När du har tagit med alla variabler klickar du Nästa.

TIPS! För att lättare hitta bland alla variabler i listan – klicka på CTRL + F, då får du en sökruta längst uppe på vid Internetmenyn, där du kan skriva in sökord.

Välj klinik och uttagsform

Markera vilken klinik du vill ta ut data för. Om du har behörighet till för datauttag på flera kliniker har du flera kryssrutor för klinik, om inte ser du bara ett kliniknamn.

Välj sedan om du vill ladda ner data till Excel eller SPSS.

Om du arbetar med SPSS är det två filer du ska ladda ner, en datafil i textformat (knappen SPSS) och syntaxfilen (knappen Variabelnamn SPSS) som ger etiketter och values (uppgifterna du ser på fliken Variable View i SPSS.

Knappen ”Byt lista”

Om du valt en lista och vill byta till en annan lista, klicka på knappen Byt lista för att välja en annan lista. Du kan även använda knappen ”Byt lista” för att ändra i din lista innan du fortsätter med datauttaget.

Använda en befintlig variabellista

Om det finns tidigare listor och du vill välja någon av dem klickar du på den gröna pilen framför den listan för att välja den.

Vid uttag till SPSS

För att få en SPSS-databas att arbete med ska du öppna SPS-filen (syntaxfilen) du har sparat ned. På de första raderna i filen står det:

FILE HANDLE FIL

/NAME=’GynopData_2012-09-29.txt’      (namnet som visas beror på vilket datum du sparat filen)

/MODE=CHARACTER

 

Här måste du byta texten som står mellan ’  ’ i NAME så att det motsvarar hela sökvägen + filnamnet på den textfil du sparat ner. Ex: Om du sparat filen i en mapp som heter Datauttag och den ligger på C: så ska det stå så här på den raden:

/NAME=’C:\Datauttag\GynopData_2012-09-29.txt’    (det gulmarkerade visar den kompletterade sökvägen för detta exempel)

 

Se till att inte glömma ”backslash” (\) före filnamnet när du skriver in sökvägen.

TIPS! Ett smidigt sätt att ”skriva” in sökvägen till mappen där filen sparats är att öppna den mappen via Utforskaren, klicka i rutan Adress och kopiera sökvägen till mappen. Glöm då inte backslash (\) före filnamnet!

Kör sedan RUN ALL på hela syntaxen så får du din SPSS-databas för det uttaget.

Om du glömmer bort att göra ändringen under NAME eller har skrivit fel sökväg får du följande feltext när du kör syntaxen för att skapa databasen.

 

Error # 105.  Command name: EXECUTE

This command is not valid before a working file has been defined.

Execution of this command stops.